在薄膜的應用過程中產生膜的污染是很難完全避免的，但是通過對不同的膜污染情況采取相應的措施來減小膜的污染程度是可行的。由于產生膜的污染的原因很多，膜污染現象比較復雜，因此沒有適用于各種膜污染情況的通用的方法，所以在此對減小膜污染的方法只能作一般性的介紹。
遇到具體的情況要根據其膜材料和膜分離過程的特點，從設計、工藝流程到設備選擇、運行、膜的儲運和停機保養等各個環節加以具體分析考慮，確定采取何種方法減小薄膜的污染，制定維護膜組件與預防膜污染的具體措施，使濃差極化的影響和薄膜污染減小到最低程度。多年來，國內外在膜污染的理論研究和應用實踐的基礎上，積累了不少行之有效的經臉和方法，在此介紹幾種常用的方法。
作為薄膜污染的防治方法概括起來有化學方法和物理方法.化學方法中有被處理液的前處理、開發漁餅和蛋白質難以吸附的膜材料、膜表面改良以及藥物清洗等。物理方法有逆洗等聯機清洗，操作條件的優化，利用電泳或Taylor旋渦的裝置等等。